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2022

  • 分类于 生物信息学
  • 需要 1 分钟阅读时间

生物信息学习技术路线(生信指月录)

1. Linux

推荐 Linux就该这么学 （0-5章节，其他的可选择性学习）

  1. 要求：
    1. 掌握 shell 基础语法
      1. Linux基础命令
      2. cd, ls, mkdir, pwd, time, df, cp, rm, sed, awk, wc, head, tail, more, history等
    2. 目录如下：
      1. 第0章 咱们先来谈谈为什么要学习Linux系统
      2. 第1章 动手部署一台Linux操作系统
      3. 第2章 新手必须掌握的Linux命令
      4. 第3章 管道符、重定向与环境变量
      5. 第4章 Vim编辑器与Shell命令脚本
      6. 第5章 用户身份与文件权限

2. Python

  1. 掌握 基础语法，条件判断，数据类型，简单的数据结构
  2. 熟悉常用模块：sys, os, pandas, json, Bio, numpy, seaborn, pysam, argparse等
  3. 使用Python 读写文件（xls, xlsx, txt等文件）
  4. 了解 迭代器，生成器，装饰器等概念，并描述其适用的场景
  5. python2 和 python3 中 range() 函数的区别
  6. 可以被next()函数调用并不断返回下一个值的对象称为迭代器：Iterator (ref: https://www.liaoxuefeng.com/wiki/1016959663602400/1017323698112640)
  7. 在Python中，这种一边循环一边计算的机制，称为生成器：generator (ref: https://www.liaoxuefeng.com/wiki/1016959663602400/1017318207388128) 熟悉 类 和 实例的概念，类函数，静态函数
  8. 可选：
    1. Python 多线程操作
      1. 使用 pymysql 操作数据库
      2. 使用 python-docx等操作数据库
      3. 常见的设计模式及其使用场景
      4. Python 数据结构与算法
      5. 陈斌老师 《数据结构与算法》B站课程
      6. 课件： 链接: https://pan.baidu.com/s/1srvCWOLsxEn3mOq1_TCmhQ 提取码: wtji

3. 生物信息学课程

  1. 了解相关概念, 专有名词
  2. 了解相关概念背后的 生物信息算法，统计原理
  3. 【 山东大学】生物信息学 B站课程
  4. 【北京大学】生物信息学：导论与方法 B站课程
  5. 统计学 ⅰ. https://www.yuque.com/biolxy/bioinfo/zgl1ml

4. BioStar 实操练习 https://www.biostarhandbook.com/

  • 可以看生信媛翻译的 BIOSTAR课程

5. 肿瘤外显子数据分析指南

  • https://www.yuque.com/biotrainee/wes

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